Bilgisayar Mühendisliği Doktora programının amacı; üniversiteler için akademik kadro oluşturmak, öğrencileri bilim ve teknikteki çağdaş yeni buluşlarla donatmak, öğrencilere serbest araştırma yapabilmeleri için gereken alt yapıyı vererek onları endüstri-üniversite iş birliğine hazırlamak, yenilenerek gelişen teknolojileri dikkate alırken bilgisayar mühendisliğince talep edilen bilimsel araştırmaları yapmaktır. Ayrıca; ülkemiz sanayisi ve ekonomisini geliştirmek ve bununla ilgili ortaya çıkmakta olan problemlerin bilgisayarların yaratabileceği katma değer ile verimli çözümü için bilimsel modeller ve karar verme süreçleri önermek ve modelleyerek geliştirmektir.

Başta Bilgisayar Mühendisleri olmak üzere tüm Yazılım, Elektronik ve Endüstri Mühendisleri, Bilgisayar Bilimleri başta olmak üzere Fizik veya Matematik Bölümü Mezunları; veya bu alanlarda yüksek lisans derecesi sahibi olanlar. Bilgisayar Mühendisliği alanı dışından başvuranlar için uygun bilimsel hazırlık programı gereklidir.